同样都有法律效力的。
区别在于：增值税专用发票认证通过后可以抵扣。而普通发票用来做帐可以，无法抵扣。
疑问来了？为什么有的企业只能开普票？有的企业即可以开普票又可以开专票？
这要从增值税的抵扣链条说起。增值税属于流转税，不重复纳税。前面缴过的税后面的企业可以抵扣。但这个抵扣是指的一般纳税人，购进货物 原材料等可以再销售货物时 抵扣进项，也就是只针对增值额来纳税的。
那普票呢？小规模纳税人适用简易征收税率 本身税率低 就直接交税 没有抵扣一说。
所以当一般纳税人卖货给小规模企业 就可以开普票就可以了。卖货给一般纳税人的话 要开专票，因为对方还要抵扣进项。
一、什么是发票
根据我国发票管理办法的规定，发票是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。我国实行的是"以票控税"的制度，只有经国家税务机关监制的发票，才是抵扣税的合法凭证。
二、发票分类
我国全面实施"营改增"之后，发票分为增值税专用发票(简称"专票")和增值税普票发票(简称"普票")。
1、专票是通过增值税专用发票税控系统开具的用于抵扣进项税的发票。
2、普票是除专票之外的其他形式的发票，包括增值税普通发票、增值税电子普通发票、增值税通用机打发票(现已取消手工发票)、公路、铁路旅客运输发票、航空旅客电子客票行程单、车辆通行费发票、出租车票、景区门票、定额发票、农产品收购发票，等等。
三、普票与专票的区别
1、发票格式不同：专票格式按增值税专用发票管理规定格式印制，格式是统一的;而普票格式多种多样，比如同样是门票，每个景区门票都将该景区标志性景点印在门票上。
2、使用人不同：专票是一般纳税人使用，小规模纳税人不使用。
3、抵扣税不同：
(1)、一般纳税人取得的专票可以抵扣进项税，取得的普票一般不能抵扣进项税，但取得农产品收购发票、车辆通行费发票，以及车票、机票等可以抵扣进项税(不合法不合规的专票和普票除外)。
(2)、小规模纳税人不论取得的是专票还是普票，都不能抵扣进项税，因为小规模纳税人实行的是增值税简易征收办法。
四、普票与专票税率的区别
这主要根据是一般纳税人还是小规模纳税人来区分。
1、一般纳税人，不论是开专票还是普票，甚至是收据，按其经营范围适用税率分别为13%、9%、6%、5%、3%。
2、小规模纳税人，开专票和普票都适用于税率3%，如开普票月销售额(含未开票收入)不超过10万元(季度不超过30万元)可免征3%增值税，超过的全额征收3%增值税；如开专票按3%征收增值税，因为收票方可以凭此专票抵扣进项税，所以开票方就要缴纳此票的销项税，不能享受免征增值税政策。
发票分为:增值税普通发票和增值税专用发票。
一般用来报销使用的发票都是普票，只用来作为钱出入账的一个凭证。依法纳税的公司都可以开具。
专票是用来进行抵扣使用的发票。所谓抵扣意思就是乙从甲处采购了一批原料，甲通过交易得到了盈利，因此甲需要缴纳增值税（现在基本所有企业都是营业税改增值税，只要业务交易进账都要缴纳增值税）。然后乙又将原料经过加工或者直接倒卖给丙，乙又通过交易得到了盈利，因此乙也要缴纳增值税。但是乙在从甲处采购原料的时候已经付给甲增值税的税金（增值税一般都是由买方支付，由卖方上缴），因此如果如果乙在缴税的时候再次缴纳进货价格的税金就造成重复征税了。这样虽然最后的税金按照习惯还是由丙来支付，由乙上缴，但是会造成价格税率过高的问题。因此，在甲收到乙的货金之后给乙可以开具增值税专用发票进行第一次交易的抵扣，以只要凭借发票中的专用抵税联就可以去税务部门抵掉自己第一次支付的税额。同样在丙给乙货款时，乙也可以给丙开具专票进行抵税，直到将货物买到最终消费者手里才算结束。
举例说明，甲以5000元把一批原料卖给乙，如果甲是最原始的卖家则甲需要缴纳由乙支付的5000×17%（根据不同行业税率会有不同，大部分实体产业均为17%的税额）的增值税。然后乙通过加工或者直接倒卖以8000元把这批原料卖给丙，由于甲给了乙专用发票，因此乙只需要上缴由丙支付的（8000-5000）×17%的增值税。如果没有专票抵税，则5000元的部分则需要缴纳两次税额，会造成成本陡增。因此这也是增值税最基本原则，可以理解为增值的部分需要缴纳税金。
其中需要说明的是，只有一般纳税人才能开具增值税专用发票。小规模纳税人则只能开具增值税普通发票。因为小规模纳税人业务量不大，财务体系未必健全，因此就减少了抵税环节。也因此小规模纳税人的税率为3%。如果小规模纳税人需要开具专用发票，可以去所在地的税务部门进行代开，但是开具专票的税额仍然是3%。
虽然小规模纳税人的税率较低，但是在购买的时候也不能进行抵扣，因此其采购成本也会相应较高。而且在小额低利润的交易中，一般纳税人由于可以抵税因此所缴的税金反而更低，这也是一般纳税人的一大优点。
